La construcción de la Capilla de la Cofradía data de 1780 y se celebró la consagración del nuevo templo, bajo la advocación del Santísimo Cristo de la Misericordia, en el año 1788.
La fachada del templo donde tiene la Cofradía su sede canónica se construyó cuando se pudo comprar y demoler una manzana de casas que impedía el desarrollo del proyecto. Para la construcción del edificio, la Cofradía de Ánimas envió varios proyectos a la Academia de Bellas Artes de San Fernando. El templo tiene planta rectangular, con nave única, tres capillas laterales a cada lado y presbiterio con capilla mayor rectangular. Para las cubiertas se emplearon bóvedas de cañón en las capillas laterales y una bóveda de cañón con lunetos, sostenida sobre arcos fajones, en la nave de la iglesia.
El presbiterio también se cubre con bóveda de cañón, empleando como elemento de engarce con la nave un vistoso arco triunfal cóncavo, muy proprio de la arquitectura del clasicismo barroco español de época de Carlos III. En cuanto al planteamiento iconográfico desarrollado en su conjunto cabe que decir que responde a la advocación del Santo Cristo de la Misericordia, a la religiosidad de la Cofradía y al ceremonial específico del Vía Crucis, celebrado cada domingo por la tarde en la capilla. Con esta concepción, ligada a la de los Vía Crucis o, más bien, a la escenografía franciscana de las capillas de los Sacromontes europeos, se rompe con los altares gallegos de tradición barroca, presididos por retablos de madera policromada.
Los relieves de las Ánimas desarrollan el relato envangélico de la Pasión del Señor, concentrando en un espacio único el itinerario devocional, místico y catequizante del Vía Crucis. En las capillas laterales y en el altar mayor del templo se despliegan las escenas de la Flagelación, el Ecce Homo, el Camino al Calvario, el Alzamiento en la Cruz, la Crucifixión (altar mayor), el Descendimiento de la Cruz, la Lamentación sobre Cristo muerto, el Santo Entierro y la Resurrección del Señor.
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